Система канализации в загородных домах чаще всего представляет собой один или несколько септиков, концентрирующих сточные воды. Для того, чтобы очищать стоки, кроме всех прочих способов, применяются также специальные бактерии, питающиеся органическими
отложениями, жирами и отходами, имеющими естественное происхождение. При подборе подходящих бактерий учитывается специфика очистительного сооружения, ведь в процессе переработки происходит также удаление неприятных запахов.
В общем все используемые септические бактерии можно разделить на две большие группы:
1. Аэробные. Этот тип бактерий для свой жизнедеятельности обязательно нуждается в наличии кислорода: по этой причине при их использовании обязательно устанавливают специальный компрессор для обеспечения подачи воздуха. Аэробные бактерии разлагают органические взвеси, что сопровождается образованием множества воздушных пузырьков. Чтоб аэробные бактерии не смывались потоками воды, практикуется применение ворсистых тканевых щитов. Действие данных микроорганизмов очень эффективное и обеспечивает высокую степень разложения, а на дне септика постепенно скапливается твердый налет. Количество подобных отложений обычно не очень объемное, поэтому их чистят своими силами, без привлечения спецтехники. В процессе органической переработки происходит выделения тепла и углекислого газа, неприятные запахи при этом отсутствуют. Очищенные воды могут свободно выводится в дренажные канавы или колодцы, а отходами можно удобрять землю на участке.
2. Анаэробные. Данный тип бактерий не зависим от наличия кислорода и характеризуется характерным процессом, когда отходы бродят и гниют. При этом гниение сопровождается опусканием части отходов на дно, с последующим разложением. Для очистки септиков с анаэробным типом бактерий потребуется привлечение ассенизационного агрегата, по причине высокой твердости образующихся 
осадков: к тому же, в качестве удобрения эти отложения не годятся. Причина – наличие в них различных возбудителей болезней. Также анаэробный тип очистки сопровождается достаточно неприятными запахами, а получаемые в результате стоки требуется еще доочищать, прежде чем сбрасывать в дренаж. Дополнительная очистка может проводится при помощи фильтрующих колодцев или полей с песчано-гравийной засыпкой.
Чтобы сделать очистительный процесс более эффективным, очень часто применяется метод комбинирования очистительных бактерий этих двух групп. Для этого очистка разделяется на два этапа – основную и вспомогательную, что способствует получению на выходе воды с чистотой 98%.
